Die Naoetsu Station gehört zum Streckennetz der JR East Shinetsu Main Line und ist die Endstation für diese Linie. Die Geleise werden auch vom Hokuetsu Express Hokuhoku benutzt. Der Bahnhof wird auch von der Echigo Tokimeki Bahn Myoko Haneuma Linie angefahren und liegt 37,7 Kilometer vom Ausgangspunkt dieser Strecke in Myoko-Kogen und 75,0 Kilometer von Nagano entfernt.