Der am 15. Juni 1902 und mit der Privatisierung der japanischen Nationalbahnen (JNR) am 1. April 1987 unter die Kontrolle der JR East gekommene Matsumoto Bahnhof wird heute von der East Japan Railway Company (JR East) und dem privaten Bahnbetreiber Alpico Kotsu betrieben. Die Matsumoto Station wird von der Shinonoi Linie angefahren, befindet sich 13,3 Kilometer von der Endstation der Linie, dem Bahnhof Shiojiri entfernt und ist eine Endstation der Oito Linie.