Die Burg Nakatsu wurde ab dem Jahre 1604 von Hosokawa Tadaoki und dessen Sohn Tadatoshi übernommen. 1872 Während der Modernisierung in der Meiji-Restauration wurden die Gebäude der Burg abgerissen. 1964 wurde der Burgturm zusammen mit einem zweistöckigen Wachturm durch die Unterstützung eines Enkels des letzten Daimyō, Okudaira Akinobu wieder errichtet. Heute ist die Burg ein von privater Hand betriebenes Museum zur Geschichte des Lehens. Sie zählt neben der Burg Takamatsu und der Burg Imabari zu den "Drei grossen Wasserburgen Japans".