Der Bahnhof Nagasaki der Kyushu Railway Company (JR Kyushu) ist die Endstation der Nagasaki Main Line. Die Station ist durch den Kamom Limited Express nach Hakata und durch den Seaside Liner Rapid Service nach Sasebo verbunden. Vor dem Bahnhof befindet sich eine Strassnbahnhaltestelle der Nagasaki Electric Tramway.