Das ehemalige Gebiet rund um Minami Shimabara war in der Muromachi-Zeit (14. - 16. Jahrhundert) unter der Kontrolle des Arima-Clans. Dieser regierte von der Hinoe-Burg aus.

In dieser Region wurde rege Aussenhandel betrieben und war durch die portugiesische und spanische Missionstätigkeit stark beeinflusst. Anfangs des 17. Jahrhunderts war ein grosser Teil der Bevölkerung Christen.

Ab 1614 (Beginn der Isolationspolitik der Tokugawa Regierung) wurde jedoch das Christentum verboten und die Regierung liess den Arima-Clan durch Matsukura Shigemasa ersetzen. Zudem wurde die Hauptstadt der Shimabara-Domäne in die Shimabara-Burg verlegt. 1637 brach der Shimabara-Aufstand aus. Die Bauern von Shimabara und Amakusa erhoben sich gegen den Matsukura-Clan.