Der Ugo-Honjo Bahnhof befindet sich auf der Uetsu Hauptlinie. Der 228,9 Schienenkilometer von der Endstation der Linie, der Niitsu Station ist auch die Endstation für die Yuri Kogen Eisenbahn der Chokai Sanroku Linie.

Die Station Ugo-Honjo hat zwei Inselplattformen mit vier Spuren, die durch eine Überführung verbunden sind.