Hakodate wird durch den Seikan-Tunnel, dem längsten Unterwasser-Tunnel der Welt, mit der Präfektur Aomori auf der Hauptinsel Honshu verbunden. Hakodate war einer von fünf Häfen, welcher in am Ende der Edo-Periode (1603-1867) für ausländische Handelsschiffe geöffnet wurde. Vom Berg Hakodate geniesst man einen der drei schönsten Aussichten bei Nacht auf die Städte Japans. Die beiden anderen Aussichten mit dem Prädikat "schönste Aussichten bei Nacht in Japan" befinden sich auf dem Berg Maya-san in der Präfektur Kobe und auf dem Berg Inasayama in der Präfektur Nagasaki.