Der Wakkanai Airport liegt 10 km südöstlich von Wakkanai und ist der nördlichste Flughafen in Japan der in der Lage ist Düsenflugzeuge aufzunehmen. Aufgrund seiner geringen Grösse ist er in den kältesten Wintermonaten oft geschlossen. Im Falle einer Schliessung werden Flugzeuge häufig zum Flughafen Asahikawa umgeleitet.