Nagaoka befindet sich im Zentrum der Präfektur Niigata in liegt in der Region Chuetsu. In dieser Gegend sind die Gross-Städte Sanjo und Kashiwazaki zu Hause.

Im Laufe ihrer Geschichte wurde die Stadt mehrmals in Mitleidenschaft gezogen. 1945 wurde sie grossflächig durch Luftangriffe der Allierten zerstört. Ungeachtet dessen wurde die Stadt auch mehrfach Opfer von Erdbeben, letztmals im Jahr 2004. Dies war mit ein Grund, dass die Stadt als Symbol den Phönix wählte - es heisst ja nicht umsonst: "Wie Phönix aus der Asche". In diesem Zusammenhang findet jährlich ein grosser Feuerwerk-Event, Nagaoka Matsuri statt.