Nakatsu liegt südöstlich von Kitakyūshū und nordwestlich der Stadt Ōita in unmittelbarer Nähe zur Präfektur Fukuoka. Die Geschichte der Stadt beginnt mit einer von Kuroda Josui 1587 gegründeten Burg. Darum herum entstand eine rasch wachsende und sich ausbreitende Siedlung.

Zeitweilig lebte in dieser Region eine starke christliche Bevölkerungsgruppe, so dass Nakatsu auch auf frühen westlichen Japankarten verzeichnet war. Bis in die Neuzeit spielte der Hafen im Schiffsverkehr der Seto-Inlandsee eine wichtige Rolle.

Neben der Burg Nakatsu befindet sich das Gebäude der Familie Fukuzawa. Deren Familienmitglieder dienten dem Haus Okudaira als Samurai. Aus dieser Familie stammte Fukuzawa Yukichi. Er war einer der führenden Köpfe der Modernisierung Japans im 19. Jahrhundert und Begründer der renommierten Keiō-Universität.

Im Stadtviertel Teramachi (Tempelstadt) können eine Fülle von alten Tempeln besichtigt werden. Einer dieser Tempel beherbergt eine Statue des Höllenfürsten Enma. Die Schlucht von Yabakei wurde 1915 zu einer der "Neuen Drei schönsten Landschaften Japans" gewählt.

In Nakatsu lebte vorübergehend, der für sein Geschichtswerk bekannte schottische Journalist und Gelehrte James Murdoch als Englischlehrer.